分離原理：分子的體積排阻，樣品組分和固定相之間原則上不存在相互作用，色譜柱的固定相是具有不同孔徑的多孔凝膠，只讓臨界直徑小于凝膠孔開度的分子進入（保留），其孔徑大于溶劑分子，所以溶劑分子可以自由地出入。高聚物分子在溶液中呈無規則線團，線團的體積和分子量有一定的線性關系，對不同大小的溶質分子可以滲透到不同大小的凝膠孔內不同的深度，小的溶質分子，大孔小孔都可以進去，甚至可以滲透到很深的孔中。因此小的溶質分子保留時間長，洗脫體積大，而大的溶質分子保留時間短，洗脫體積小。