常規應用于HILIC色譜的固定相有：純硅膠柱、氨基柱、酰胺基柱、兩性離子柱等。純硅膠柱有固定相不易流失的優點，在使用CAD、ELSD和LC-MS檢測器時，zui受huan迎；氨基柱，在HILIC色譜中的應用，特別適合碳水化合物（糖類）分離；兩性離子柱，不再需要使用離子對試劑，具有ji強的親水性，能夠有效地保留RP-LC中保留弱或不保留的強極性離子型化合物以及堿性藥物分子。

同樣是Silica，NH₂，與用于正相色譜中的色譜柱不同，專為HILIC色譜設計的色譜柱，可以用于水-有機物的流動相中，換句話說，HILIC色譜對固定相的耐水性要求更高，否則會因固定相的水解，出現基線噪音大、色譜柱壽命短等問題。所以用于正相色譜中的色譜柱，不一定能用于HILIC色譜。而適用于HILIC色譜的色譜柱，可以用于正相色譜中。

極性溶質在親水作用色譜里優先被保留，這意味著很多在反相色譜里保留很弱的物質可以輕松地使用親水作用色譜進行分離。

親水作用色譜有以下幾個潛在的優點：

與反相色譜法相比，親水作用色譜中最常見的問題應該是不理想的峰形（前沿或者拖尾）。這正反映了親水作用色譜作為一種新的分離方法還沒有得到如RPC一樣廣泛應用的事實。親水作用色譜可能還在使用A類硅膠作為填料。我們還需要繼續改良HILIC色譜柱以及想辦法對峰形進行改善。

當遇到峰形問題時，第一個嘗試的方法應該是增加流動相中緩沖液的濃度。有些樣品要求緩沖液濃度高達100mmol/L才能得到比較好的峰形。一般情況下樣品應該用流動相溶解，但有時為了改善峰形，可以把溶解樣品用的有機溶劑的比例增加。如果峰形還是沒有得到改善，那么就可以考慮更換柱子或者調整流動相的pH。流動相中應該一直含有一定量的水，水的比例至少應達到3%-5%。

在運行質譜檢測的時候，有些鍵合相柱會發生柱流失的問題。通常的解決辦法是改用硅膠柱或者別的鍵合相的色譜柱。有文獻指出，使用親水作用色譜時，某些樣品組分會與硅膠柱產生不可逆的結合，這時可以考慮改用鍵合相的HILIC柱。